В настоящее время из Томского аэропорта могут совершать свои пассажирские рейсы самолеты: Ан-2, -12, -24, -26, -30, Ил-18, Як-40, -42, Ту-134, -154, -204, Airbus-319, Boeing-737 (300, 500) и воздушные суда ниже классом, вертолеты всех типов. Первоочередной этап реконструкции аэропорта предусматривает модернизацию аэровокзала и строительство международного терминала. Реконструкция необходима в связи с формированием в Томске особой экономической зоны технико-внедренческого типа и увеличением пассажиропотока.