Для повышения эффективности использования бюджетных средств в Росавтодоре используют ряд инструментов. Так, за несвоевременное или некачественное выполнение работ на федеральных трассах к подрядчикам Федеральное дорожное агентство применяет штрафные санкции. По итогам 2013 года в бюджет РФ в качестве взысканий с недобросовестных подрядчиков направлено 366,235 млн рублей. По итогам 2014 года – 501,127 млн рублей.
Еще один инструмент экономии бюджетных средств - это снижение цены госконтрактов на 4-5%, которого добивается Федеральное дорожное агентство в рамках внутренней экспертизы проектов. По данным дорожного ведомства, это позволяет сокращать расходы на 20 млрд рублей в год. В целом, по итогам 2014 года общая цена заключенных государственных контрактов составила 411,25 млрд рублей, а экономия от внутренней экспертизы проектов составила 3,15% (около 13 млрд рублей).