Все 12 воздушных судов находились на капитальном ремонте, в настоящее время предприятие не использовало их для авиаперевозок. При этом несколько вертолетов были практически полностью разобраны.
В 2013 году компания «Томск Авиа» оказалась в сложной финансовой ситуации, а к середине марта 2014 года ее кредиторская задолженность превысила 300 млн рублей.