Первоначальным действием специалистов БТЛЦ на станции Молодечно стал переход на режим круглосуточной работы в пункте таможенного оформления (ПТО). Ранее ночами возможно было таможенное оформление только транзитных грузов. Благодаря смене режима рабочего времени на сегодня возможно оформление также экспортных и импортных грузов, что значительно сократило простой вагонов и ускорило процесс грузовых перевозок.
Также с 2012 года оказание услуги по таможенному оформлению грузов активно внедряет филиал БТЛЦ в Гродно. Уже в прошлом году на ПТО "Новогрудок" и ПТО "Гродно ГАП-2", оформлялись грузы, перевозимые по Беларуси железнодорожным и автомобильным транспортом. Для предоставления всего спектра услуг в сфере логистики специалистами БТЛЦ производится таможенное оформление грузов, приходящих на любую станцию Гродненского узла.
Также в 2012 году снова включился в работу филиал БТЛЦ города Бреста. Он оказывает услуги по таможенному оформлению транзитных грузов в процессе смешанных перевозок со сменой транспортного средства (вагон/контейнер-автомобиль) с оформлением всех перевозочных документов (CMR, CARNET TIR).
Специалистами БТЛЦ на сегодня обрабатываются грузы на крупнейших железнодорожных станциях: Степянка, Колядичи, Орша, Молодечно, Лида, Борисов, Полоцк, Витебск, Могилев, Слуцк, Гомель, Кричев, Минск-Пассажирский. На них БТЛЦ предоставляет услуги таможенного оформления и подачи деклараций, консультирования в области таможенного дела.