Основной причиной является тяжелая финансовая ситуация и невозможность соблюдения новых авиационных правил. Согласно данным правилам, в парке авиакомпании "Кубань", осуществляющего регулярные воздушные перевозки, должны состоять не менее 8 воздушных судов вместимостью 55 и более пассажирских кресел.
До настоящего времени «Кубань» эксплуатировала шесть воздушных судов зарубежного производства. При этом три из них (Airbus A-319) авиакомпания вынуждена досрочно вернуть лизингодателям из-за невозможности своевременных выплат по контракту. Ранее из эксплуатации были также выведены устаревшие авиалайнеры «Як-42» советского производства.
«Кубань» уже направила заявление в арбитражный суд Краснодарского края о признании ее банкротом.