Самолет осуществлял чартерный рейс из Ярославля в Минск. Но во время разбега борт не смог подняться и выкатился за торец взлётно-посадочной полосы, все же произвел взлет с грунта в 450 метрах за торцом. Полёт длился несколько секунд: самолёт набрал высоту не более 6 метров, затем столкнулся с мачтой радиомаяка, ударился о землю на берегу реки Туношонки и разрушился.
В катастрофе выжило два человека - инженер по авиационному и радиотехническому обслуживанию Александр Сизов, а также один член команды. Однако в последствии он скончался в больнице. Еще погибло 43 человека – основной состав ХК «Локомотив» вместе с тренерами и персоналом клуба, а также экипажем самолета.
Официальное расследование катастрофы провёл Межгосударственный авиационный комитет. Непосредственной причиной катастрофы названы непроизвольные нажатия на тормозные педали во время разбега самолёта, сделанные командиром воздушного судна либо вторым пилотом. Расследование также выявило и ряд способствовавших катастрофе факторов.
6 сентября 2012 года Главным следственным управлением Следственного комитета России в рамках расследования уголовного дела по данной авиакатастрофе предъявлено обвинение бывшему заместителю генерального директора по организации летной работы авиакомпании «Як Сервис» Вадиму Тимофееву в совершении преступления, предусмотренного ч. 3 ст. 263 УК РФ (нарушение правил безопасности движения и эксплуатации воздушного транспорта).
По данным следствия, Тимофеев являясь в силу выполняемой работы и занимаемой должности лицом, обязанным соблюдать правила безопасности движения и эксплуатации воздушного транспорта, отвечал за организацию летной работы, поддержание квалификации летного состава, повышение их профессионального уровня, организацию тренировок и квалификационных проверок пилотов.
Изучив все обстоятельства и факты, предшествовавшие трагедии следователи установили, что экипаж был допущен Тимофеевым незаконно, в нарушение правил безопасной эксплуатации воздушного транспорта и, на момент катастрофы не имел права выполнения самостоятельных полетов. Тем временем, бывший замгендиректора авиакомпании «Як Сервис» Вадим Тимофеев продолжает работать в авиации. Тимофеев перевозит вип-пассажиров на Як-42 класса люкс в качестве командира воздушного судна в одной из частных компаний.
По данным газеты "Известия", за Вадимом Тимофеевым закреплен борт Як-42Д с номером RA 42412. Это VIP-вариант стандартного Як-42, имеющий четыре салона: отдельный кабинет для VIP-пассажира и зал для совещаний с диванами, мягкими креслами и удобными столами, а также два салона для сопровождающих лиц.
Позволить себе перелет на этом лайнере могут лишь крупные бизнесмены и чиновники. К примеру, рейс из Москвы в Сочи обойдется как минимум в €20 тыс. Пассажирами этого борта были экс-министр промышленности и торговли Виктор Христенко, а также нынешний министр Денис Мантуров, сообщает газета.
Стоит отметить, что компания «Як Сервис», организовавшая перелет "Локомотива", прекратила свое существование больше года назад. Одна из бывших сотрудниц рассказала, что все "устроились в различные московские фирмы, так или иначе связанные с авиацией", однако, по данным газеты, авиапарк бывшего «Як Сервис» замечался в европейских аэропортах и пилоты на форумах утверждают, что экипажи до сих пор используют радиопозывные и бланки полетных заданий несуществующего оператора, установить которого не могут даже страховщики.
А вот родственники пилотов, погибших при крушении Як-42 под Ярославлем, пожаловались в Европейский суд по правам человека на несправедливое судебное разбирательство в России.
В жалобе указывается, что мать и жена двух пилотов разбившегося самолета пытались безуспешно в российских судах оспорить выводы комиссии, согласно которым авиапроисшествие произошло по вине экипажа.
В жалобе отмечается, что в случае признания Страсбургским судом наличия нарушений, заявители просят выплатить им компенсацию материального ущерба, морального вреда и расходов, связанных с подачей жалобы.
Замоскворецкий суд Москвы в феврале не принял к рассмотрению иск родственников пилотов Як-42. Позднее данное решение было признано законным вышестоящей инстанцией.